home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ Danny Amor's Online Library / Danny Amor's Online Library - Volume 1.iso / html / faqs / bionet / software.acedb < prev   
Internet Message Format  |  1995-07-29  |  46KB
  1. Path: bloom-beacon.mit.edu!spool.mu.edu!uwm.edu!lll-winken.llnl.gov!overload.lbl.gov!acedbfaq
  2. From: acedbfaq@s27w007.pswfs.gov (ACEDB FAQ Pseudouser)
  3. Newsgroups: bionet.software.acedb,news.answers
  4. Subject: ACEDB Genome Database Software FAQ
  5. Followup-To: bionet.software.acedb
  6. Date: 14 Nov 1994 22:17:29 GMT
  7. Organization: Dendrome, A genome database for forest trees
  8. Lines: 1124
  9. Approved: news-answers-request@MIT.Edu
  10. Message-ID: <3a8nlp$ee6@overload.lbl.gov>
  11. Reply-To: acedbfaq@s27w007.pswfs.gov
  12. NNTP-Posting-Host: s27w007.pswfs.gov
  13. Summary: Frequently Asked Questions about finding and getting
  14.  started with the database system ACEDB.  ACEDB is used
  15.  to collect information regarding the molecular biology
  16.  of the genome.
  17. Xref: bloom-beacon.mit.edu bionet.software.acedb:437 news.answers:29377
  18.  
  19. Archive-name: acedb-faq
  20. Last-modified: 11/14/94
  21. Version: 1.16
  22.  
  23.  
  24. ----------------------------------------------------------------------
  25.  
  26.  
  27.     Common Questions, with Answers, about ACEDB.
  28.  
  29.    
  30. Q0:  What is ACEDB? 
  31. Q1:  What is the current version of ACEDB? 
  32. Q2:  What hardware/software do I need to run ACEDB? 
  33. Q3:  Where can I get ACEDB? 
  34. !Q4:  What ACEDB databases exist? 
  35. Q5:  What written documentation exists for ACEDB? 
  36. Q6:  Where can I find further information about ACEDB? 
  37. Q7:  How should ACEDB be cited? 
  38. Q8:  Is ACEDB object-oriented? 
  39. Q9:  What's all this about Gopher|WAIS|ftp|WWW|URL ... 
  40. Q10: How can I get on/off the ACEDB announcements mailing list? 
  41. Q11: When and where is the next ACEDB Workshop? 
  42. Q411: Who prepared this document & where is the current version? 
  43.   
  44.     Questions marked with + are new, those with !
  45.     have substantially changed answers.
  46.  
  47. ----------------------------------------------------------------------
  48. Q0:  What is ACEDB?
  49.  
  50.  
  51. A0:  ACEDB is an acronym for A Caenorhabditis elegans Database.  It can
  52.      refer to a database and data concerning the nematode C. elegans,
  53.      or to the database software alone.  This document is concerned
  54.      primarily with the latter meaning.  ACEDB is being adapted by many
  55.      groups to organize molecular biology data about the genomes of
  56.      diverse species [see Q4].
  57.  
  58.      ACEDB allows for automatic cross-referencing of items during
  59.      loading and allows for hypertextual navigation of the links
  60.      using a graphical user interface and mouse.  Certain special
  61.      purpose graphical displays have been integrated into the
  62.      software.  These reflect the needs of molecular biologists
  63.      in constructing genetic and physical maps of genomes.
  64.  
  65.      ACEDB was written and developed by Richard Durbin (MRC LMB
  66.      Cambridge, England) and Jean Thierry-Mieg (CNRS, Montpellier,
  67.      France), beginning circa 1990.  It is written in the C programming
  68.      language and uses the X11 windowing system to provide a platform
  69.      independent graphical user interface.  The source code is publicly
  70.      available [See Q3].  Durbin & Thierry-Mieg continue to develop
  71.      the system, with contributions from other groups including
  72.      Lawrence Berkeley Laboratory and the European integrated Genome
  73.      Project.
  74.  
  75.      A description by Durbin & Thierry-Mieg:
  76.          ACEDB does not use an underlying relational database
  77.          schema, but a system we wrote ourselves in which data
  78.          are stored in objects that belong in classes.  This is
  79.          nevertheless a general database management system using
  80.          caches, session control, and a powerful query language.
  81.          Typical objects are clones, genes, alleles, papers,
  82.          sequences, etc.  Each object is stored as a tree,
  83.          following a hierarchical structure for the class (called
  84.          the "model").  Maps are derived from data stored in tree
  85.          objects, but precomputed and stored as tables for
  86.          efficiency.  The system of models allows flexibility
  87.          and efficiency of storage -missing data are not stored.
  88.          A major advantage is that the models can be extended
  89.          and refined without invalidating an existing database.
  90.          Comments can be added to any node of an object.
  91.  
  92. Return to List of Questions
  93. ----------------------------------------------------------------------
  94. Q1:  What is the current version of ACEDB?
  95.  
  96.  
  97. A1: [This answer refers to the software not the C. elegans data.]
  98.     Currently there are two threads of the ACEDB kernel: the
  99.     2.x series which represents the C. elegans project under
  100.     the tutelage of Richard Durbin, and the 3.x series from
  101.     Jean Thierry-Mieg.  However, the differences in the code
  102.     are slight and the two authors committed to a single
  103.     kernel at the ACEDB workshop in July, 1994.  The most
  104.     recent release is an experimental version 3.3 which 
  105.     is available from the repositories.
  106.  
  107.      A Macintosh version is available as version 2.0b4.
  108.  
  109.      To retrieve the software see Q3.
  110.  
  111.      To be kept informed of new releases see Q10.
  112.  
  113.  
  114. Return to List of Questions
  115. ----------------------------------------------------------------------
  116. Q2:  What hardware/software do I need to run ACEDB?
  117.  
  118.  
  119. A2:
  120.  
  121.      Unix and X11:
  122.         
  123.          Sun/SunOS 4.x
  124.          Sun/Solaris
  125.          DEC  DECstation3100, 5100 etc.
  126.          DEC  Alpha/OSF-1
  127.          Silicon Graphics Iris series
  128.          PC 386/486 with Linux (free Unix)
  129.              [note from Jeff Bryer, jbryer@darwin.mbb.sfu.ca]
  130.              I just installed up Linux yesterday and today spent
  131.              the many hours to compile in the C. elegans data for
  132.              ACEDB v2.0  So to save other people the trouble of
  133.              doing the same the entire package ACEDB for Linux 2-10
  134.              is available on trog.mbb.sfu.ca in /pub/acedb as
  135.              linux.2_10.tar.Z
  136.               The data was compiled in on a 486DX-33 with 16MBs of
  137.              RAM running Linux 1.1.18 (Slackware 2.0.0 distribution)
  138.              and a 32MB swap device (and it chugged away for a couple
  139.              hours chewing up all 16MBs and half the swap space).
  140.              File size is about 73MBs uncompressed, 26MBs compressed.
  141.               This is based on the ACEDB v2.0 port for Linux that Ken
  142.              Clark (ken@darwin.mbb.sfu.ca) did.
  143.          There exist, or have existed, ports onto Alliant, Hewlett-
  144.            Packard, IBM R6000, Convex.   You may have to contact
  145.            the developer responsible for the port to make these real.
  146.          NeXT: contact Patrick Phillips at University of Texas,
  147.            NeXTmail: patrick@wbar.uta.edu
  148.               email: phil@decster.uta.edu
  149.          
  150.     MSDOS/Windows/NT:
  151.          
  152.         A port to NT is rumored to be in the works.
  153.          
  154.     Macintosh:
  155.          [Contributed by Frank Eeckman]
  156.          Macace is distributed as a self-extracting archive that contains
  157.          the application, the wspec files, and a fully up to date
  158.          database.  macace 3.0 is available with an updated 21bdb
  159.          database.  Please send all questions/bug reports to
  160.          eeckman@llnl.gov A native powerPC version is available as
  161.          well.  Macace needs a macintosh with > 16 MBytes of RAM,
  162.          and a decent color monitor is preferred. System 7 or
  163.          greater is required. For the multimedia extensions Quicktime
  164.          1.0 is required.  Please add your name to our mailing list by
  165.          sending email to eeckman@llnl.gov.
  166.          It is our belief that for cost savings a powerPC mac will beat
  167.          the advertised linux-intel combination.
  168.          Macace is fully compatible with xace, but includes some
  169.          multimedia extensions (picture and movie support) not found
  170.          in the unix versions.
  171.  
  172.  
  173.      To retrieve the software see Q3.
  174.  
  175.     For cost savings, a combination of a high-end Intel platform
  176.     with Linux appears very attractive. [Though the port does
  177.     not seem robust, yet --bks]
  178.  
  179.     Here at the Institute of Forest Genetics we run ACEDB on a 
  180.     Sun Microsystems SPARCstation II, and users can interact
  181.     using Macintoshes and PC-clones by using X11 implementations
  182.     for the personal computers and a LAN.
  183.  
  184.     X11 fonts note: ACEDB uses fonts listed in the xfonts.wrm
  185.     file.  If you install new fonts on your machine be sure to
  186.     run bldfamily(1) so that they are available.
  187. Return to List of Questions
  188. ----------------------------------------------------------------------
  189. Q3:  Where can I get ACEDB?
  190.  
  191.  
  192. A3:  All the files are available in the following public access
  193.      accounts (anonymous ftp sites) accessible via Internet:
  194.         
  195.         
  196.         lirmm.lirmm.fr (193.49.104.10) in pub/acedb
  197.         
  198.         
  199.         cele.mrc-lmb.cam.ac.uk (131.111.84.1) in pub/acedb
  200.         
  201.         
  202.         ncbi.nlm.nih.gov (130.14.20.1) in repository/acedb
  203.         
  204.         
  205.         bioinformatics.weizmann.ac.il (132.76.55.12) in
  206.             pub/databases/acedb.
  207.         
  208.         
  209.         
  210.         MacAce is available from:
  211.         
  212.         genome.lbl.gov
  213.              (131.243.224.80) in pub/macace 
  214.         
  215.              cele.mrc-lmb.cam.ac.uk (131.111.84.1) in pub/acedb/macace 
  216.         
  217.         
  218.         Linux; ACEDB version 2.0 for Linux 2-10:
  219.         
  220.         trog.mbb.sfu.ca /pub/acedb as linux.2_10.tar.Z 
  221.  
  222.  
  223.     A typical session would be: 
  224.         ftp ncbi.nlm.nih.gov
  225.         login: anonymous
  226.         password: your email address
  227.         cd repository/acedb/ace3
  228.         binary
  229.         ls
  230.         get README_3
  231.         get NOTES
  232.         get INSTALL
  233.         get bin.sparc.3.0.tar.Z
  234.         quit
  235.         
  236.  
  237. Return to List of Questions
  238. ----------------------------------------------------------------------
  239. Q4:  What ACEDB databases exist?
  240.  
  241.  
  242. A4:  [In alphabetic order by Database name.
  243.          Curators, submit changes as new paragraphs.--bks]
  244.  
  245.      Database : AAnDB-1.0
  246.      Species : Aspergillus nidulans
  247.      PI : Leland Ellis
  248.      Last_update : February 1994
  249.      ACEDB_version : 3.0
  250.      Contact : leland@stralight.tamu.edu
  251.       URL : http://keck.tamu.edu/ibt.html 
  252.      Comment : defunct, See AGsDB
  253.  
  254.      Database : AAtDB
  255.      Species : Arabidopsis thaliana
  256.      Current version : 3-3
  257.      Last_update : June 1994
  258.      Curator : John Morris
  259.      Contact : curator@frodo.mgh.harvard.edu
  260.      Availability :  ftp weeds.mgh.harvard.edu/aatdb/aatdb.3x
  261.      Availability :  Macintosh version in /aatdb/MacAAtDB directory 
  262.      URL :  gopher://weeds.mgh.harvard.edu/
  263.      URL :  http://weeds.mgh.harvard.edu:80/index.html 
  264.  
  265.      Database : ABtDB-1.0
  266.      Species : Bovine, Bos taurus
  267.      ACEDB_version : 3.0 extended
  268.      PI : Leland Ellis
  269.      Last_update : February 1994
  270.      Contact : leland@stralight.tamu.edu
  271.      URL : http://keck.tamu.edu/ibt.html
  272.      Comment : defunct, See AGsDB
  273.  
  274.      Database : AboutDB
  275.      Curator : Staffan Bergh
  276.      PI : Staffan Bergh
  277.      Subject : ACEDB itself (Is this meta-meta-metadata)
  278.      ACEDB 3.0
  279.      Contact : staffan@biochem.kth.se
  280.       URL http://kiev.physchem.kth.se/AboutDB.html 
  281.  
  282.      Database : ACeDB
  283.      Species : Caenorhabditis elegans
  284.      Current version: 2-10
  285.      Curator : Jean Thierry-Mieg
  286.      Curator : Richard Durbin
  287.      Contact : rd@mrc-lmb.cam.ac.uk
  288.      Contact : mieg@kaa.crbm.cnrs-mop.fr
  289.      Last_update : May 1994
  290.  
  291.      DataBase : AceMap
  292.      Species : Homo sapiens (Mus musculus under development)
  293.      Focus : Physical mapping of human chromsome X and 21
  294.      ACEDB_version : 3.0
  295.      Curator : Hugues Roest Crollius
  296.      PI : Hans Lehrach
  297.      Availability : beta release of the X chr. data/models by
  298.          anonymous ftp to
  299.           ftp.icnet.uk in icrf-public/GenomeAnalysis/X/acemap.
  300.           Get the README file in the directory above.
  301.      Contact : hrc@gea.lif.icnet.uk (Hugues Roest Crollius)
  302.             ICRF, Lincoln's Inn Fields London, UK.
  303.      Last_update : August 94
  304.  
  305.      Database : AGsDB  A Genus species Database
  306.      Species : Aspergillus nidulans
  307.      Species : Neurospora crassa
  308.      Species : cow w/ human anchor loci
  309.      Species : cotton (demo)
  310.      Species : Homologs of Aspergillus cell cycle loci
  311.                for budding and fission yeast
  312.      PI : Leland Ellis
  313.      Curator : Leland Ellis
  314.      Last_update : March 1994
  315.      ACeDB_version : 3.0 (beta still), with extensions to the Human
  316.              C21 Models to provide for multiple species, and queries
  317.              between species via Homologs (e.g., cell cycle loci with
  318.              links via Homologs between Aspergillus and budding 
  319.              C. cerevisiae) and fission (S. pombe) yeast);
  320.              interacting loci via defined Interactions for each locus
  321.      Models : as of 3.13.94
  322.      Data : as of 3.13.94
  323.      Revision :  AAnDB for Aspergillus nidulans and ABtDB for
  324.              Bos taurus (cow) have been folded into AGsDB, and are
  325.              not being developed futher as individual species databases.
  326.      WWW : WWW-AGsDB is an interface of AGsDB with the World-Wide
  327.              Web, and utilizes the WWW-ACeDB Server (nph-acedb3) of
  328.              Guy Ducoux (ducoux@moulon.inra.fr).
  329.      URL : http://keck.tamu.edu/ibt.html
  330.      Contact : leland@straylight.tamu.edu
  331.  
  332.      Database : ChlamyDB
  333.      Species : Chlamydomonas
  334.      PI : Elizabeth Harris
  335.      Contact : chlamy@acpub.duke.edu
  336.      Availability : ChlamyDB 1.0, using ACEDB 3.0, is now on WWW and
  337.             gopher (probe.nalusda.gov).  Complete version using ACECB
  338.             3.3 will be available soon by ftp.
  339.     URL :  http://probe.nalusda.gov:8300
  340.      Last_update : 25 Oct, 1994
  341.  
  342.     Database : CottonDB
  343.     Species : Gossypium hirsutum (cotton)
  344.     PI : Russell J. Kohel
  345.            USDA-ARS
  346.            Southern Crops Research Laboratory
  347.            Route 5, Box 805, College Station, Texas 77845
  348.     Curator : Gerard R. Lazo
  349.     Curator : Sridhar Madhavan
  350.     Last_update : July, 1994
  351.     ACEDB_version : 3.0
  352.     Contact : rjk0339@zeus.tamu.edu (Russell Kohel)
  353.     Contact : lazo@genome.tamu.edu (Gerard Lazo)
  354.     Availability : still under construction
  355.     Phone : 409-260-9311
  356.     Fax : 409-260-9333
  357.  
  358.      Database : CSNDB
  359.      Focus : Cell Signalling Molecules and Interactions
  360.      Contact : Takako Igarashi
  361.               National Insitute of Health Sciences
  362.               Division of Chem-Bio Informatics
  363.               Setagaya-ku, Tokyo, Japan 158
  364.               taka@nihs.go.jp
  365.  
  366.      Database : EcoDB
  367.      Species : E. coli
  368.      PI : Staffan Bergh
  369.      Contact : staffan@biochem.kth.se
  370.      Availability : Proposed
  371.      Last_update : Aug. 1994
  372.  
  373.      Database : 11DB
  374.      Species : Homo sapiens
  375.      Focus : Physical mapping of chromosome 11
  376.      Availability : under development
  377.      Curator : Benedict Arnold
  378.      PI : Peter Little
  379.      Contact : Benedict Arnold
  380.              Dept. Biochemistry,
  381.              Imperial College,
  382.              London, SW7 2AZ
  383.              b.arnold@ic.ac.uk
  384.  
  385.     Database : The Encyclopaedia of the Drosophila Genome.
  386.     Acronym : (none)
  387.     Species : Drosophilidae (primarily D. melanogaster)
  388.     Availability : MacFly/FlyDB-based distribution by ftp and CD-ROM due early 1995
  389.     Developer : Suzanna Lewis
  390.     Contact : suzi@fly2.berkeley.edu
  391.     Developer : Cyrus Harmon
  392.     Contact : sly@fly2.berkeley.edu
  393.     Developer : Edward Welbourne
  394.     Contact : eddy@gen.cam.ac.uk
  395.     Curation : Data is provided by the collaborating organisations:
  396.     Collaborator : The FlyBase Consortium, flybase@morgan.harvard.edu
  397.     Collaborator : The Berkeley Drosophila Genome Project
  398.     URL :  gopher://fly.bio.indiana.edu:70+/11/Flybase 
  399.  
  400.      Database : Flydb
  401.      Species : Drosophila melanogaster
  402.      Curator : Suzanna Lewis
  403.      Contact : suzi@fly2.berkeley.edu
  404.  
  405.      Database : GrainGenes
  406.      Species : Wheat, barley, oats, relatives
  407.      Availability : Anonymous ftp from probe.nalusda.gov:pub/grains
  408.      Availability : Gopher greengenes.cit.cornell.edu port 70
  409.      Availability : Gopher probe.nalusda.gov port 7002
  410.      Curator : David E. Matthews
  411.      PI : Olin D. Anderson
  412.      Contact : matthews@greengenes.cit.cornell.edu
  413.      Contact : oandersn@wheat.usda.gov
  414.      URL : gopher://greengenes.cit.cornell.edu/1/
  415.      Data_version : 1.3
  416.      Released : 12 Jan 1994
  417.      Based_on : acedb.1-10
  418.      Availability : See following WWW URL
  419.      URL :  http://probe.nalusda.gov:8300
  420.      Last_update : Feb. 1994
  421.  
  422.      Database : human.c17
  423.      Species : Homo sapiens
  424.      Availability :  the database is under development
  425.      Contact : lsprilus@weizmann.weizmann.ac.il
  426.      Focus :  mapping & sequencing of Human Chromosome 17
  427.      Based_on: acedb.3-0
  428.      Last_update : Jan. 1994
  429.  
  430.      Database : IGD - the Integrated Genomic Database
  431.      Species : Homo sapiens (later mouse and other mammalian species)
  432.      Availability : September 1994 by ftp, on-line server October 1994
  433.      Contact : Otto Ritter  [ o.ritter@dkfz-heidelberg.de ]
  434.      Curator : tba
  435.      Description : IGD - the Integrated Genomic Database -
  436.              aims to integrate multiple public general molecular
  437.              biology and human genome specific databases into single
  438.              logical database with unified interface to existing
  439.              analysis tools.
  440.  
  441.      Database : LIGM-DB
  442.      Curator : Veronique Giudicelli
  443.      Focus : genetic and physical mapping of loci of Immunoglobulins and
  444.               Tcell receptors
  445.      PI : Marie_paule Lefranc
  446.      Contact : Veronique Giudicelli
  447.              LIGM IGMM UMR CNRS 9942
  448.              BP 5051 Rte de Mende
  449.              34000 Montpellier
  450.              giudi@ligm.crbm.cnrs-mop.fr
  451.  
  452.      Database : Maize
  453.      Species : Zea mays L. ssp. mays
  454.      Focus : Maize genome
  455.      Acedb_version : 1.9
  456.      FTP : probe.nalusda.gov, pub directory; anonymous ftp
  457.      Comment : Maize is an acedb front end for the Maize Genome 
  458.              Database, MaizeDB, a SYBASE database.
  459.      Comment : MaizeDB is updated daily and has WWW connectivity
  460.              to external databases: GenBank (loci, alleles and
  461.              probes), SwissProt (gene products) and the E. coli
  462.              Stock Center (loci).
  463.      Data : Major data categories: 4522 mapped loci (located to
  464.              chromosome or better) including 684 mapped genes and
  465.              1423 mapped probed sites (gene candidates); 982
  466.              probes; 1850 map scores; 1533 gel patterns
  467.              (Probe/Enzyme/Stock); 4231 stocks; 5105 Variations
  468.              (alleles, DNA polymorphisms, rearrangements, etc);
  469.              465 phenotypes; 223 traits; 547 gene products;
  470.              5314 bibliographic references; 1979 persons with
  471.              addresses.
  472.      Gopher : host = teosinte.agron.missouri.edu, port = 70
  473.      Telnet :  telnet teosinte.agron.missouri.edu 
  474.                   login as guest, use password 'corncob'
  475.      HTTP :  http://teosinte.agron.missouri/top.html 
  476.      HTTP : http://probe.nalusda.gov:8000/acedbs/index.html
  477.                 via PGD, the Plant Genome Database
  478.      Comment : Genera is a software toolkit for creating and
  479.              extracting data from Sybase databases; used to
  480.              create MaizeDB and Worldwide Web connectivity.
  481.      HTTP : Genera Info  http://cgsc.biology.yale.edu/genera.html
  482.      Funding : MaizeDB USDA/ARS to E. Coe
  483.      Funding : Genera NSF BIR 92-01652 to S. Letovsky and M. Berlyn
  484.      Curator/PI : Ed Coe ed@teosinte.agron.missouri.edu
  485.      Curator : Pat Byrne byrne@teosinte.agron.missouri.edu
  486.      Curator : Georgia Davis gdavis@teosinte.agron.missouri.edu
  487.      Curator : Mary Polacco  maryp@teosinte.agron.missouri.edu
  488.      Curator : Marty Sachs, Maize Stock Center,  msachs@uiuc.edu 
  489.      Curator : Christiane Fauron  FAURON@GENE1.med.utah.edu
  490.      Curator : Carolyn Wetzel cmwetzel@iastate.edu
  491.      Curator : Steve Rodermel S1SRR@ISUVAX.IASTATE.EDU
  492.      Design : Stan Letovsky letovsky-stan@CS.YALE.EDU
  493.      Design : Mary Berlyn mary@fetalpig.biology.yale.edu
  494.      Systems Manager :  Denis Hancock
  495.                             dhancock@teosinte.agron.missouri.edu
  496.      Contact : db_request@teosinte.agron.missouri.edu
  497.      Last_update : 25 April 1994
  498.  
  499.      Database : MycDB
  500.      Species : Mycobacteria
  501.      Comment : MycDB is a collation of data on the mycobacteria,
  502.              causative agents of tuberculosis and leprosy. It
  503.              is centered on the mapping and sequencing projects
  504.              under way in M.leprae and M.tuberculosis.
  505.      PI : Staffan Bergh
  506.      PI : Stewart Cole
  507.      PI : Doug Smith
  508.      Curator : Staffan Bergh
  509.      Contact : staffan@biochem.kth.se
  510.      Last_update : Apr. 1994
  511.      WWW :  http://kiev.physchem.kth.se/MycDB.html
  512.      ftp : ftp.pasteur.fr (157.99.64.12) in pub/MycDB
  513.      ftp : kiev.physchem.kth.se (130.237.52.64) in pub/MycDB
  514.      ftp : bioinformatics.weizmann.ac.il (132.76.55.12) in
  515.              pub/databases/mycdb
  516.  
  517.      Database : PomBase
  518.      Curator : Sean Walsh
  519.      Curator :  Marie-Adele Rajendream
  520.      PI : Bart Barrell
  521.      Species : Schizosaccharomyces pombe
  522.      Contact : svw@sanger.ac.uk
  523.      Contact : barrell@sanger.ac.uk
  524.      Comment : Not yet available for distribution
  525.  
  526.       DataBase : Mousedb
  527.       Species  : Musculus Musculus
  528.       Species  : Homo Sapiens
  529.       ACEDB_version : 3.0 with extensions to define and display
  530.               cytogenetic data.
  531.       Description :  Mouse genome data from the published literature,
  532.               including mouse genes with phenotypic effects, chromosome
  533.               anomalies, imprinted regions and man-mouse homologies with
  534.               associated pathological disorders. The maps are consensus
  535.               ones. They use data, such as the HIS and anomaly data, to
  536.               show alignments between the genetic and cytogenetic maps.
  537.       Curator : Michelle Kirby
  538.       Curator : Rachael Selley
  539.       PI : Mary Lyon
  540.       PI : Jo Peters
  541.       Availability : Mousedb is available publicly from the UK HGMP
  542.               Resource Centre's computing service via the INTERNET. For
  543.               user id. please contact Administration, HGMP Resource Centre,
  544.               Hinxton Hall, Cambridgeshire CB10 1RQ, UK. 
  545.               Tel: (+44) 1223 494520  Fax: (+44) 1223 494510 For other
  546.               information contact Michelle Kirby.
  547.       Contact : kirbym@har-rbu.mrc.ac.uk  (or mkirby@hgmp.mrc.ac.uk)
  548.                rselley@har-rbu.mrc.ac.uk
  549.            MRC Radiobiology Unit, Chilton, Didcot, Oxon OX11 ORD
  550.       Last_update : October 1994
  551.  
  552.      Database : RiceGenes
  553.      Species : Rice (O. sativa)
  554.      Availability : Anonymous ftp from probe.nalusda.gov:pub/rice 
  555.      Availability :  Gopher nightshade.cit.cornell.edu port 70 
  556.      Availability :  Gopher probe.nalusda.gov port 7007 
  557.      Curator : Edie Paul
  558.      PI : Susah McCouch
  559.      Contact : epaul@nightshade.cit.cornell.edu
  560.      Release : ACEDB 1-10
  561.      Last_update : May 1994
  562.  
  563.      Database : SacchDB
  564.      Species : Saccharomyces cerevisiae
  565.      Focus : Budding Yeast Genome
  566.      Acedb_version : 2.0, MacAce
  567.      FTP : genome-ftp.stanford.edu, not available yet.
  568.      Comment : The database is in beta test by a small number of
  569.           yeast labs. The WWW-ACEDB gateway version is
  570.           currently available, see HTTP below. The Gopher
  571.           server contains only the Olson restriction map
  572.           information and views of the resulting Clone
  573.           (Physical) Map.
  574.      Data : Olson/Riles Physical Map, Mortimer Genetic Maps and
  575.           Information, Sequences from GenBank, Gene/Clone
  576.           associations using the Wash Univ. prime clone
  577.           filters.
  578.      Gopher : host = genome-gopher.stanford.edu, port = 70
  579.      HTTP : URL http://genome-www.stanford.edu 
  580.      Funding : National Center for Human Genome Research, NIH
  581.      PI : David Botstein, botstein@genome.stanford.edu
  582.      Project Manager/Curator : Mike Cherry, cherry@genome.stanford.edu
  583.      Curator : Fred Dietrich, dietrich@genome.stanford.edu
  584.      Curator : Selena Dwight, dwight@genome.stanford.edu
  585.      Curator : Cathy Ball, ball@genome.stanford.edu
  586.      Systems : Dan Mosedale, mosedale@genome.stanford.edu
  587.      Contact : yeast-curator@genome.stanford.edu
  588.      Data_Submission : yeast-curator@genome.stanford.edu
  589.      Last_update : 9 August 1994
  590.  
  591.      Database : SolGenes
  592.      Coverage: Solanaceae - tomato, potato, pepper
  593.      Availability : Anonymous ftp from probe.nalusda.gov:pub/solgenes 
  594.      Availability :  Gopher nightshade.cit.cornell.edu port 71 
  595.      Availability :  Gopher probe.nalusda.gov port 7006 
  596.      Curator : Edie Paul
  597.      PI : Steve Tanksley
  598.      Contact : epaul@nightshade.cit.cornell.edu
  599.      Release : ACEDB 3.0
  600.      Last_update : May 1994
  601.  
  602.      Database : SorghumDB
  603.      Species : Sorghum bicolor (L.) Moench
  604.      PI : Keith F. Schertz
  605.               USDA-ARS
  606.               Dept. of Soil & Crop Sciences
  607.               Texas A&M University
  608.               College Station, TX 77843-2474
  609.               Phone : (409) 260-9252
  610.               FAX : (409) 845-0456
  611.               E_mail : schertz@tamvm1.tamu.edu
  612.      Curator : Najeeb U. Siddiqui
  613.               Southern Crop Improvement Facility
  614.               Crop Biotechnology Center
  615.               Texas A&M University
  616.               College Station, TX 77843-2123
  617.               Phone : (409) 862-1523
  618.               FAX : (409) 862-4790
  619.               E_mail : nus6389@tamsun.tamu.edu
  620.      Last_update : July 1994
  621.      ACEDB_version : 3.0
  622.      Availability : Under Development
  623.  
  624.      Database : SoyBase
  625.      Species : Soybeans
  626.      Curator :  Lisa Lorenzen
  627.      PI : Randy Shoemaker
  628.      Contact : lorenzen@mendel.agron.iastate.edu
  629.      Phone : 515-294-0421
  630.      Fax : 515-294-2299
  631.      Last_update : Sept. 1993
  632.  
  633.      Database : Sybace
  634.      Species : Homo sapiens
  635.      Creator : Detlef Wolf
  636.      Comment : Custom software --ACEDB front-end to SYBASE data
  637.      Contact : D.Wolf@dfkz-heidelberg.de
  638.      See_also : IGD
  639.  
  640.      Database : TreeGenes
  641.      Species : Forest trees
  642.      Availability : alpha, contact curator
  643.      ACEDB_version : 1-10
  644.      Curator : Bradley K. Sherman
  645.      PI : David B. Neale
  646.      Contact : Dendrome@s27w007.pswfs.gov
  647.      Contact : bks@s27w007.pswfs.gov
  648.      Contact : dbn@s27w007.pswfs.gov
  649.      Last_update : March 1994
  650.      URL : gopher://s27w007.pswfs.gov/
  651.      URL : http://s27w007.pswfs.gov/
  652.      URL : ftp://probe.nalusda.gov/pub/trees
  653.  
  654.      Database : 21Bdb
  655.      Species : Homo sapiens
  656.      Focus : STS content mapping & sequencing of Human Chromosome 21
  657.      Availability : by request, via ftp, world-wide-web
  658.      Based_on : acedb.1-10 plus moulon server
  659.      URL : ftp://genome.lbl.gov/pub/21Bdb-v1.1.tar.Z
  660.      URL : http://genome.lbl.gov/Genome/acepage.html
  661.      Curator : Donn F. Davy
  662.      Contact : DFDavy@lbl.gov
  663.      Contact : aggarwal@genome.lbl.gov
  664.      Focus : STS content mapping & sequencing of Human Chromosome 21
  665.      PI : Michael Palazzolo
  666.      PI : Chris Martin
  667.      PI : Jan-Fang Cheng
  668.      Last_update : Apr. 1994
  669.  
  670.      Database : 22ace
  671.      Species : Homo sapiens
  672.      Curator : Ian Dunham
  673.      Focus : Physical mapping of chromosome 22
  674.      PI : Ian Dunham
  675.      Contact : Ian Dunham
  676.              Sanger Centre
  677.              Hinxton Hall,
  678.              Cambs.  UK.
  679.              id1@sanger.ac.uk
  680.  
  681.      Database : VoxPop
  682.      Species : Populus spp.
  683.      Availability : contact curator
  684.      Curator : Carl G. Riches
  685.      PI : Reinhard F. Stettler
  686.      Contact : cgr@poplar1.cfr.washington.edu
  687.      Contact : STETTLER@coyote.cfr.washington.edu
  688.      Last_update : Sept. 1993
  689.  
  690.      Database : Xace
  691.      Species : Homo sapiens
  692.      Curator : Gareth Maslen
  693.      Focus : Physical mapping of chromosome X
  694.      PI : David Bentley
  695.      Contact : Gareth Maslen
  696.              Sanger Centre
  697.              Hinxton Hall,
  698.              Cambs.  UK.
  699.              glm@sanger.ac.uk
  700.  
  701.      Database : ?
  702.      Species : Homo sapiens
  703.      Focus : Physical mapping of human chromosome 6.
  704.      Curator : Ioannis Ragoussis
  705.      Availability : Unknown
  706.      Contact : Guy's hospital
  707.  
  708.      Database : ?
  709.      PI : Scott Chasalow
  710.      Species : Potato
  711.      Contact : Scottish Crop Institute, Dundee
  712.      Last_update : Sept. 1993
  713.  
  714.      Database : ?
  715.      PI : George Murphy
  716.      PI : David Flanders
  717.      Species : Arabidopsis thaliana
  718.      Contact : John Innes Center, Norwich, England
  719.      Last_update : Sept. 1993
  720.  
  721.      Database : ?
  722.      Species : Homo Sapiens
  723.      Focus : Physical and linkage mapping of chromosome 8
  724.      Availability :
  725.      Curator : Stephen Wood
  726.      PI : Stephen Wood
  727.      Contact : Stephen Wood
  728.              Dept. Medical Genetics
  729.              University of B. C.
  730.              Vancouver, B. C.
  731.              Canada
  732.              swood@unixg.ubc.cq
  733.  
  734.  
  735. Return to List of Questions
  736. ----------------------------------------------------------------------
  737. Q5:  What written documentation exists for ACEDB?
  738.  
  739.  
  740. A5:
  741.     From Sam Cartinhour:
  742.        The ACEDB Documentation Server is a repository for
  743.        documentation concerned with "A C. elegans Data Base",
  744.        the generic genome database software designed by
  745.        Richard Durbin (MRC, UK) and Jean Thierry-Mieg
  746.        (CNRS, France). The server is intended as a resource
  747.        for developers, curators, and end-users of all (not
  748.        just plant) databases derived from ace. Eventually
  749.        we hope to offer all kinds of documentation, from
  750.        reprints to (technical) gossip.  The ACEDB
  751.        documentation server is sponsored by the Plant Genome
  752.        Database Project at the National Agricultural Library
  753.        (USDA).  The documentation server is listed on the
  754.        home page for the Agricultural Genome World Wide Web
  755.        Server at http://probe.nalusda.gov:8000.
  756.  
  757.      Primary documents from the developers are:
  758.          acedb -- A C. elegans Database: I. Users' Guide.
  759.          acedb -- A C. elegans Database: II. Installation Guide.
  760.          acedb -- A C. elegans Database: III. Configuration Guide.
  761.          Syntactic Definitions for the ACEDB Data Base Manager
  762.              --Jean Thierry-Mieg and Richard Durbin (1991-)
  763.      
  764.      Get By anonymous ftp from ncbi.nlm.nih.gov (130.14.20.1)
  765.      in repository/acedb:
  766.         ftp://ncbi.nlm.nih.gov/respository/acedb/doc*tar.Z
  767.      And ftp://weeds.mgh.harvard.edu/acedb_doc
  768.      The files are in tex and postscript.  [I have had
  769.      some difficulty printing these.  Jean Thierry-Mieg
  770.      suggests latex xxxx.tex, dvi2ps xxxx.dvi > xxxx.ps, 
  771.      lpr xxxx.ps.]
  772.  
  773.      You will find interesting documents in the wdoc
  774.      subdirectory of the ACEDB distribution.
  775.  
  776.      The Australian National Genomic Information Service has prepared
  777.      good documentation of the C. elegans version as
  778.       Angisturte.ps and angistute.hqx 
  779.      available by anonymous ftp at ncbi.hih.gov in repository/acedb/ace2.
  780.  
  781.      Cherry, J.M., Cartinhour, S.W., and Goodman, H.M. (1992) AAtDB,
  782.      An Arabidopsis thaliana Database. Plant Molecular Biology Reporter
  783.      10 (4): 308-309,409-410
  784.  
  785.      Tutorial manual for AAtDB:
  786.      Cartinhour, S., Cherry, J.M., and Goodman, H.M. (1992) An
  787.      Introduction to ACeDB: For AAtDB, An Arabidopsis thaliana
  788.      Database. Massachusetts General Hospital. (Available on
  789.      request in printed form from the AAtDB curator).
  790.  
  791.      A description of ACEDB:
  792.      Cherry, J.M. and Cartinhour, S.W. (1994) ACEDB, A tool for
  793.      biological information. in Automated DNA Sequencing and
  794.      Analysis, edited by M.  Adams, C. Fields, and C. Venter.
  795.      Academic Press, pages 347-356.  [text is available through
  796.      ftp or gopher from weeds.mgh.harvard.edu]
  797.  
  798.      Another description of ACEDB for physical mapping projects:
  799.      Dunham, I., Durbin, R., Mieg, J-T & Bentley, D.R. (1994)
  800.      Physical mapping projects and ACEDB, in Guide to Human
  801.      Genome Computing. Ed.  Bishop, M.J.  Academic Press,
  802.      pages 111-158.  [text is available through ftp or
  803.      gopher from weeds.mgh.harvard.edu]
  804.  
  805. Return to List of Questions
  806. ----------------------------------------------------------------------
  807. Q6:  Where can I find further information about ACEDB?
  808.  
  809.  
  810. A6:  There is a Usenet/Biosci conference titled bionet.software.acedb.
  811.      If you do not have access to the Biosci conferences via a
  812.      newsreader (e.g. rn, trn, tin) you can participate in the conference
  813.      by electronic mail.  To subscribe to the e-mail version of the
  814.      conference send email to biosci-server@net.bio.net (UK, European
  815.      readers use biosci@uk.ac.daresbury or biosci.daresbury.ac.uk) with
  816.      no subject line and only the message
  817.      
  818.            subscribe ACEDB-SOFT
  819.            
  820.      in the body.  To unsubscribe send the message
  821.      
  822.            unsubscribe ACEDB-SOFT
  823.            
  824.      to the same address.
  825.      This is an automated service.  Your e-mail address will be taken
  826.      from the header of the message that you send.  If you then send
  827.      mail to acedb@net.bio.net the mail will be distributed to all
  828.      subscribers and to the electronic conference.
  829.      All of the articles are archived on the gopher at net.bio.net.
  830.  
  831.      Mike Cherry has set up an ACEDB Developer's archive.  For
  832.      anonymous ftp use the hostname weeds.mgh.harvard.edu and look in
  833.      the acedb_dev directory. If you wish to contribute you can put
  834.      files in the incoming directory.  Send a message to Mike
  835.      (cherry@genome.stanford.edu) that you have put something in that
  836.      directory then Mike will move it out for general access.
  837.      For gopher you can connect to weeds.mgh.harvard.edu
  838.      (132.183.190.21) and ...
  839.      
  840.         -->  N.  FTP Archives for Molecular Biology/
  841.         
  842.      then
  843.      
  844.         -->  M.  ACEDB Developer's archive/
  845.         
  846.      [N and M are integers which are subject to change.]
  847.  
  848.      The bionet.software. acedb.conference is archived and can be
  849.      searched using WAIS.  Here is a Gopher-style link to the WAIS
  850.      archive. (This is also courtesy of Mike Cherry.):
  851.      
  852.           #
  853.           Type=7
  854.           Name=ACEDB BioSci Electronic Conference
  855.           Path=7/.index/acedb-biosci
  856.           Host=genome-gopher.stanford.edu
  857.           Port=70
  858.      
  859.  
  860.      The AAtDB, Soybase, GrainGenes, Mace, and TreeGenes [see Q4]
  861.      databases regularly submit data to the Plant Genome Database
  862.      at the National Agricultural Library (NAL).  Nal makes this
  863.      data available via the WWW using an http server with URL:
  864.          
  865.          http://probe.nalusda.gov:8000/index.html
  866.          
  867.      You will also find a selection of models.wrm files (schemata)
  868.      for the various databases here.  You will want to get a
  869.      "mosaic client" to examine this.
  870.  
  871.      AboutDB is a stab at an integrated info and project tracking database
  872.      for the 'Greater ACEDB Community'. It was conceived and implemented by
  873.      Staffan Bergh (staffan@biochem.kth.se), the 'coordinator', during the
  874.      ace94 workshop in Montpellier, based on an earlier effort by John
  875.      McCarthy. The aim is to collect information on all aspects of ACEDB
  876.      use as a database manager. Currently it contains information on
  877.      Databases implemented in ACEDB, Colleagues in the community, some
  878.      Tools for >curators of ACEDB databases and some of the information
  879.      on 'magic tags' collected during the ace94 workshop.
  880.      AboutDB can be reached at URL: http://kiev.physchem.kth.se/AboutDB.html
  881.  
  882.      Other URL's that readers with mosaic clients might want to
  883.      examine are:
  884.         
  885.         http://moulon.inra.fr/acedb/acedb.html for C. elegans data
  886.         
  887.         
  888.         http://kiev.physchem.kth.se/MycDB.html for Mycobacterium data 
  889.         
  890.         
  891.         http://moulon.inra.fr:8001/acedb/igd.html for an integrated
  892.             genome database.
  893.         
  894.         
  895.  
  896.      For information on how these were created see
  897.         
  898.         http://moulon.inra.fr/acedb_conf_eng.html
  899.         
  900.         
  901.         http://moulon.inra.fr/acedb_conf.html (en francais)
  902.         
  903.  
  904.      The Genome Computing Group, Lawrence Berkeley Laboratory
  905.      has an anonymous ftp service at machine genome.lbl.gov
  906.      (131.243.224.80) which contains: 
  907.           flydb - LBL's Drosophila Acedb-style database
  908.           21bdb - LBL's Human Chromosome 21 Acedb-style database
  909.           querdb - LBL's query-language extensions to Acedb 
  910.           metadata - LBL's compendium of Acedb database schema variants
  911.           macace-aatdb-demo.hqx  -  pre-release Acedb MacIntosh version
  912.           There is also a repository of contributed software for
  913.           data conversions and the like.
  914.           
  915.  
  916.      [From Otto Ritter]
  917.      IGD - the Integrated Genomic Database - is an international
  918.      project of DKFZ, Heidelberg (Germany), CNRS, Montpellier
  919.      (France), ICRF, London (UK), LBL, Berkeley (USA), and MRC,
  920.      London/Cambridge, (UK). IGD is an extensible object-oriented
  921.      distributed information management system with one global schema, 
  922.      physical data integration at the back-end, and local data
  923.      management at the front-end. It supports local schema evolution
  924.      and local data integration, and has a potential for truly virtual
  925.      "on-the-fly" integration (federation) of its resource databases.
  926.      Beside data integration, IGD provides graphical user interface, 
  927.      client/server communication, and seamless interface to a growing
  928.      number of tools for structure, sequence, genetic, physical and
  929.      comparative mapping analysis. ACEDB is the IGD main software
  930.      component for data management.  As a database, IGD integrates
  931.      and references genome related data from public sources. As an
  932.      analysis tool,  IGD provides uniform interface to existing
  933.      programs and program packages for tructure and sequence
  934.      analysis, genetic and physical map construction and analysis,
  935.      etc.  In addition to the major human and mouse databases already
  936.      planned SWISS-PROT/PIR, PDB, GDB, OMIM, CitDB, CEPH, CHLC,
  937.      CEPH-Genethon, Genbase, UK DNA ProbeBank, RLDB2, CAD, MGD,
  938.      MouseBackcross DB), crossreferences will be maintained to
  939.      dataabases established around specific model organisms
  940.      (C.elegans, D. melanogaster, S. cerevisiae,  pombe etc.).
  941.       Refs:
  942.       
  943.        1/ Ritter,O.: The Integrated Genomic Database. in Computational
  944.            Methods in Genome Research, edited by S.Suhai, Plenum,
  945.            57-73 (1994).
  946.        2/ Ritter,O., Kocab,P., Senger,M., Wolf,D., and Suhai,S.:
  947.            Prototype Implementation of the Integrated Genomic
  948.            Database, Computers and Biomedical Research, 27, 97-115 (1994)
  949.      
  950.  
  951.      Computer staff for the UC Berkeley Drosophila physical mapping
  952.      project the LBL Human Chromosome 21 project, and the LBL plant
  953.      genome projects meet regularly to coordinate their ACEDB
  954.      extension and development efforts, along with Frank Eeckman,
  955.      who is working on the Macintosh version of ACEDB (for further
  956.      information, contact jlmccarthy@lbl.gov). They also keep in
  957.      close touch (via email, personal visits, etc.) with their
  958.      counterparts in Cambridge (Richard Durbin et al), Montpellier 
  959.      Jean Thierry-Mieg et al), and the Interated Genome Database
  960.      project in Heidelburg (Otto Ritter, Detlef Wolf et al).
  961.  
  962. Return to List of Questions
  963. ----------------------------------------------------------------------
  964. Q7:  How should ACEDB be cited?
  965.  
  966.  
  967. A7:  From the distribution:
  968.  
  969.         We realize that we have not yet published any "real" paper on
  970.         ACEDB.  We consider however that anonymous ftp servers are a
  971.         form of publication. We would appreciate if users of ACEDB
  972.         could quote:
  973.             Richard Durbin and Jean Thierry Mieg (1991-). A C. elegans
  974.             Database.  Documentation, code and data available from
  975.             anonymous FTP servers at lirmm.lirmm.fr,
  976.             cele.mrc-lmb.cam.ac.uk and  ncbi.nlm.nih.gov.
  977.  
  978.         Papers involved in database development could quote more
  979.         precisely:
  980.            I.   Users' Guide. Included as part of the ACEDB distribution
  981.          kit,
  982.            II.  Installation Guide. Included as part of the ACEDB
  983.          distribution
  984.            III. Configuration Guide. Included as part of the ACEDB
  985.          distribution
  986.  
  987.         and the preprintkit, available by Anonymous FTP from ...
  988.            Jean Thierry-Mieg and Richard Durbin (1992). Syntactic
  989.            Definitions for the ACEDB Data Base Manager. Included as
  990.            part of the ACEDB distribution.
  991.  
  992.              --Jean and Richard.
  993.  
  994. Return to List of Questions
  995. ----------------------------------------------------------------------
  996. Q8: Is ACEDB object-oriented?
  997.  
  998.  
  999. A8: From the ACEDB User's Guide.
  1000.  
  1001.     A major current vogue in computer languages and database design
  1002.     is for ``object-oriented'' systems.  It's also a source of lots
  1003.     of argument.  We are just trying to build a good system, and
  1004.     don't want to get caught in the crossfire, but we do talk about
  1005.     organising our data into objects and classes.  We have undoubtedly
  1006.     been influenced by many of the ideas going around, but it isn't
  1007.     likely our system would be regarded as kosher by the object-
  1008.     oriented community.  In particular there is no class hierarchy, nor
  1009.     inheritance, and it is written in a modular but non-ideological way
  1010.     in straight C. However display and disk storage methods are class
  1011.     dependent.
  1012.  
  1013.     In some ways the class hierarchy is replaced by our system of
  1014.     models and trees, which seems to be rather unusual.  We think it
  1015.     is very natural for the representation of biological information,
  1016.     where for some members of a class a lot might be known about some
  1017.     aspect, but for most only a little is known.
  1018.  
  1019.     The advantages of our sytem over a relational database, such as
  1020.     Oracle or Sybase, is our ability to refine our descriptions without
  1021.     rebuilding the database and the possibility of organising the
  1022.     storage of data on disk according to their class, i.e. we store in
  1023.     a very different way the tree-objects and the long stretches of
  1024.     DNA sequence.
  1025.  
  1026. Return to List of Questions
  1027. ----------------------------------------------------------------------
  1028. Q9:  What's all this about Gopher/WAIS/ftp/WWW ...
  1029.  
  1030.  
  1031. A9:  These terms all refer to Internet protocols.
  1032.      An excellent introduction to the Internet is:
  1033.        _The Whole Internet User's Guide & Catalog_,
  1034.        by Ed Krol, O'Reilly & Associates, 1992.
  1035.      Or ask your system administrator to provide you with
  1036.      a gopher client or mosaic client and begin navigating
  1037.      on your own. 
  1038.  
  1039.      URL is a Universal Resource Locator on the World-Wide
  1040.      Web (WWW).  There are many free Internet browsers
  1041.      available that allow you to use an Internet connection
  1042.      and a URL to access services.  Mosaic may be the
  1043.      most popular and it is available for Mac, PC or Unix
  1044.      via anonymous ftp from ftp.ncsa.uiuc.edu.
  1045.  
  1046. Return to List of Questions
  1047. ----------------------------------------------------------------------
  1048. Q10: How can I get on/off the ACEDB announcements mailing list?
  1049.  
  1050.  
  1051. A10: To get on or off the mailing list send mail to
  1052.      rd@mrc-lmb.cam.ac.uk or mieg@kaa.crbm.cnrs-mop.fr.
  1053.      New releases of the software are announced to this
  1054.      list and very little else.  The  BIOSCI newsgroup
  1055.      bionet.software.acedb is on the mailing list.
  1056.  
  1057. Return to List of Questions
  1058. ----------------------------------------------------------------------
  1059. Q11: When and where is the Next ACEDB Workshop?
  1060.  
  1061.  
  1062.     In planning, California 1995.
  1063.     [Contact information to appear here. --bks]
  1064.  
  1065.     If you would like to see some pictures of the
  1066.     ACEDB '94 Workshop in St. Matthieu de Treviers taken by Mike
  1067.     Cherry with the camera on an SGI workstation, the URL is: 
  1068.     http://genome-www.stanford.edu/~cherry/pics/acedb-94.pics.html.
  1069.     John Morris has provided some more at URL: 
  1070.     http://weeds.mgh.harvard.edu/ace94/ace94.image.html.
  1071.  
  1072. Return to List of Questions
  1073. ----------------------------------------------------------------------
  1074. Q411:Who prepared this document & where is the current version?
  1075.  
  1076.  
  1077.     [Note to international readers: 411 is the phone number for
  1078.     information in the USA. --bks]
  1079.  
  1080.     This document will be posted monthly to the BIOSCI newsgroup
  1081.     bionet.software.acedb and to USENET conference news.answers.
  1082.     It is intended to be used as an index to ACEDB databases and
  1083.     to information about the database software.
  1084.  
  1085.     The latest text version of the ACEDB FAQ should be available via
  1086.     anonymous ftp at machine
  1087.     
  1088.     net.bio.net
  1089.     as file
  1090.     pub/BIOSCI/ACEDB/ACEDB.FAQ or at
  1091.     rtfm.mit.edu as pub/usenet/news.answers/acedb-faq. Answer 3
  1092.     demonstrates a sample FTP session.  If you only have
  1093.     electronic mail, the FAQ can be retrieved from
  1094.     mail-server@rtfm.mit.edu.
  1095.  
  1096.     There is an HyperText Markup Language (HTML) version of this
  1097.     document available on the World Wide Web:
  1098.         http://probe.nalusda.gov:8000/acedocs/acedbfaq.html
  1099.         http://s27w007.pswfs.gov/Homepage/acedbfaq.html
  1100.  
  1101.     Curators of ACEDB databases should take note of Question 4 and
  1102.     keep me apprised of changes.
  1103.  
  1104.     Errors of commission or omission are unintentional.  If I have
  1105.     forgotten to give you credit please let me know.  Please
  1106.     send comments and corrections to: acedbfaq@s27w007.pswfs.gov
  1107.  
  1108.     Major contributions in getting this FAQ off the ground
  1109.     were made by John McCarthy and Mike Cherry.  Other
  1110.     contributors include:
  1111.  
  1112.         Lisa Lorenzen
  1113.         David Matthews
  1114.         Edie Paul
  1115.         Donn Davy
  1116.         Eric De Mund
  1117.         Sam Cartinhour
  1118.  
  1119.  
  1120.     Please cite as:
  1121.     Sherman,B.K., ACEDB Genome Database Software FAQ,
  1122.     ftp://rtfm.mit.edu/pub/usenet/news.answers/acedb-faq,
  1123.     http://probe.nalusda.gov:8000/acedocs/acedbfaq.html,
  1124.     1993,1994, approx. 50K bytes.
  1125.  
  1126.     To add or modify information in this document, please
  1127.     send mail to: acedbfaq@s27w007.pswfs.gov
  1128.  
  1129.       
  1130.       Bradley K. Sherman
  1131.       Dendrome Project                
  1132.       Institute of Forest Genetics    
  1133.       P.O. Box 245, Berkeley, CA, 94701
  1134.       Phone: 510-559-6437 Fax: 510-559-6440  
  1135.       
  1136.  
  1137.     The Dendrome Project and TreeGenes are funded by the
  1138.     USDA ARS Plant Genome Research Program.
  1139.  
  1140.           --bks
  1141. Return to List of Questions
  1142. ---------------------End of file acedb-faq----------------------------
  1143.